主角緋村劍心流浪至東京，因為神谷薰的挽留而留在東京。其後認識了明神彌彥、相樂左之助及高荷惠等人，又與前幕府殺手鵜堂刃衛、御庭番眾首領四乃森蒼紫決鬥，其間劍心經歷了多次戰鬥，令劍心自覺慢慢變回昔日的劊子手拔刀齋（千人斬拔刀齋）（人斬り抜刀斎）。最後在與幕末時代的對手前新撰組第三小隊組長齋藤一決戰及得知志志雄一黨的陰謀後，獨自前往京都與志志雄一黨對決。